虽然尖锐湿疣可能难以治疗，但这种情况是能够治好的。然而，随着时间的推移，病变可能需要多次治疗或联合治疗。手术切除是独一清除率接近 的治疗选择，虽然尖锐湿疣能够在所有治疗类型后复发。
事实上，清除后病变复发的概率为 20% 到 30%。用外用鬼臼毒素治疗的尖锐湿疣的复发率为 45% 至 83%，复发率为 6% 至 。咪喹莫特治疗的复发率较低，为 6% 至 26%，清除率为 35% 至 68%。Sinecatechins 软膏可清除 47% 至 59% 的尖锐湿疣，只有 7% 至 11% 的患者在清除后会出现病变复发。液氮冷冻治疗方式可清除 44% 至 75% 的生殖部位疣，复发率为 21% 至 42%。三氯乙酸溶液治疗可清除 56% 至 81% 的病变，清除后 36% 的病变复发
尖锐湿疣会对患者出现明显的心理影响，包括焦虑、内疚和愤怒。患者也可能担心生育能力的丧失和癌症。生殖部位疣内可存在癌前病变和恶性病变。尖锐湿疣也可发展为恶性病变。恶性转化的相关体征包括出血、不规则色素沉着、溃疡和可触及真皮浸润的病变。此外，如前所述，Buschke-Lowenstein 肿瘤是尖锐湿疣的已知并发症。
昆明皮肤病专科医院(亦称昆明尖锐湿疣医院)，作为云南省的性病专业治疗机构，特别提醒公众：性病会危害患者的身体健康，患上性病之后，患者的生殖部位、淋巴结、皮肤等可能会出现明显的病变，病情严重的患者还可能会发展成癌症。
